Tout d'abord, ca commence avec un rapide flash-back sur le final de la saison 2 où on voit le Président Palmer victime d'une attaque "bactériologique" (à défaut d'en savoir plus... on ne sait pas si CT un micro-organisme, un virus, un poison ou la grippe de Vénus), il s'effondre. Fade to black avec son petit coeur qui bat...
Trois ans plus tard...
Deux types déposent un corps visiblement défiguré, enroulé dans une bâche, devant la porte du Service de Santé publique à Los Angeles. Histoire d'attirer l'attention des autochtones, ils posent une petite bombe sur la porte avant de s'arracher en vitesse.
Ailleurs, Jack Bauer, accompagné de son nouveau partenaire, Chase Edmunds (qui, on l'apprend rapidement, sort avec Kim "Jo La Poisse" Bauer depuis 3 mois, qui elle-même bosse au CTU en tant qu'analyste informatique) se rend dans une prison fédérale pour discuter avec le District Attorney des termes d'un accord avec un détenu : Ramon Salazar. Celui-ci est un baron de la drogue mexicain (ouuuh les vilains bandidos mexicanos qui veulent tuer les jeunes zaméricains avec de la vilaine drogue pas bonne pour leurs petits cortps) en cheville avec des groupes terrorists (sic), arrêté par Jack lui-même. Il a opéré "under cover" pendant 6 moi, se faisant passer pour l'ami de Salazar. L'accord vise à éviter la peine capitale à Salazar, en échange des noms des terros avec qui il travaille (mon dieu, en me relisant, j'ai l'impression d'etre dans CS...). Salazar, après avoir signé son accord, tue son avocat en lui plantant son stylo dans la jugulaire, pour l'empecher de parler (mais de quoi, on l'ignore). Il prévient Jack que "ce qui va arriver ensuite, est à sa charge"...
Ensuite, back to CTU, les services ce santé apprenent au directeur Tony Almeida que le cadavre a été tué par un virus très contagieux. Ce dernier initie un protocole d'alerte sur une possible menace terroriste vu la façon dont a été délivré le "colis" du début.
On apprend que Kate Warner et Jack sont séparés depuis qqes temps. Dans la voiture qui ramène Jack et Chase au CTU (apres qu'ils aient analysé les bandes de surveillance où on voit Salazar exécuter son avocat au stylo à plume), ce dernier s'inquiète de la santé de Jack, histoire de savoir s'il tient le coup (dois-je vous rappeler dans quel état de forme il avait fini la saison précédente ?)...
Au CTU, Tony recoit un appel de Langley, où un type lui dit qu'il n'a pas de job à offrir à sa femme (Michele Dressler, oui, ils sont mariés), et qu'il lui faut une réponse pour ce soir. On a en effet proposé un poste supérieur à Langley à Tony, mais il ne veut pas partir sans que Michelle ait elle aussi un poste.
Nord du Mexique, Hector Salazar, le petit frère de l'autre, telephone a un mec qui surveille via des moniteurs les Services de Santé. Il lui dit d'attendre 10 min avant de téléphoner...
Au CTU, les recherches pour identifier le corps ont commencé. Michelle dit à Kim de faire les recherches ADN. Celle-ci est en lutte avec un technicien (mysogine) qui lui reproche d'etre ici passk'elle est la fille de son père (ce qui n'est pas totalement faut, soit-dit en passant. Et vu le passif de Jo La Poisse, il me parait humain d'avoir des craintes

)
Jack et Chase arrivent au CTU et commencent à vaquer à leurs occupations.
Le toubib des services de santé informe Tony et Jack dans une vidéoconf que le virus utilisé a été amélioré par rapport à ses capacités naturelles. Il tue désormais en 24h et est très contagieux. S'il venait à etre répandu dans la nature, il pourrait infecter un million de personnes a L.A. en une semaine.
Pendant ce temps là, le Présient prépare un débat face à un candidat aux présidentielles. On évoque son état de santé , "affaibli" suite à l'attaque de y'a 3 ans... Son frère (joué par D.B Woodside, le proviseur du Sunnydale High dans la saison 7 de Buffy) et aussi Chief of Staff (en remplacement de Mike Kovic de l'an dernier), lui sert de sparring partner pour la question, et l'avertit qu'un mort par virus a été retrouvé dans L.A.
Au CTU, Jack engueule une subalterne, alors qu'il est visiblement énervé, instable. Il transpire, a le souffle rapide, et est très nerveux... Qqes min plus tard, conférence au CTU, un appel anonyme au FBI demande la libération de Salazar dans les 6 heures, sinon le même virus que celui employé sur le gugusse du début sera libéré dans la population. Le gugusse en question est un dealer de East L.A., qui a aussi servi d'informateur à plusieurs reprises.
L'homme de main de Salazar qui surveillait les services de santé, surveille maintenant un jeune en possession d'un sac de cocaïne. Ce dernier l'a trimballé à travers la frontière et doit le remettre à qq'un plus tard dans la journée
Au CTU, Jack s'enerve sur son ordi (un Mac, pour l'anecdote

), Chase arrive alors pour lui parler. Il lui dit qu'il prendrait volontiers une balle pour lui, mais que là il va lui dire les chsoes en face. Il lui dit qu'il sait ce qu'il a subit quand il était sous couverture chez Salazar. Jack lui dit de s'occuper de ses oignons, mais Chase n'abandonne pas. Il lui dit qu'il a pas besoin de prouver qu'il est un héros, que la journee sera difficile, et qu'il fasse le nécessaire pour reprendre le dessus, qu'il puissent ainsi faire leur job......